Відповідно до статті 6 Закону України "Про бухгалтерський облік та фінансову звітність в Україні" (далі - Закон) міністерства, інші центральні органи виконавчої влади, у межах своєї компетенції, відповідно до галузевих особливостей розробляють на базі національних положень (стандартів) бухгалтерського обліку методичні рекомендації щодо їх застосування. Національні положення (стандарти) бухгалтерського обліку затверджуються Міністерством фінансів України.

Методичні рекомендації щодо застосування регістрів журнально-ордерної форми обліку для сільськогосподарських підприємств (далі - Методрекомендації), які затверджені наказом Міністерства аграрної політики України від 04.06.2009 N 390, та Методичні рекомендації з планування, обліку і калькулювання собівартості продукції (робіт, послуг) сільськогосподарських підприємств (далі - облік собівартості), які затверджені наказом Міністерства аграрної політики України від 18.05.2001 N 132, у непоодиноких випадках не відповідають національним положенням (стандартам) бухгалтерського обліку (далі - ПБО), що є також наслідком неприведення їх у відповідність до змін, яких набувають ПБО.

У пункті 1.5 Методрекомендацій вираз "контролювання документів" не відповідає Інструкції про застосування Плану рахунків бухгалтерського обліку активів, капіталу, зобов'язань і господарських операцій підприємств і організацій, затвердженій наказом Міністерства фінансів України від 30.11.99 N 291 (далі - Інструкція), в якій застосовується вираз "контирування документів".

У пункті 4.1.13 застосовано контрактив "негативний гудвіл", який було відмінено наказом Міністерства фінансів України від 14.10.2008 N 1238, та зазначено про амортизацію гудвілу, в той час як за пунктом 2.12 Змін до деяких положень (стандартів) бухгалтерського обліку, затверджених наказом Міністерства фінансів України від 31.05.2008 N 756, гудвіл амортизації не підлягає. Крім того гудвіл підлягає оцінці на наявність ознак можливого зменшення його корисності в порядку, передбаченому ПБО 28 "Зменшення корисності активів", затвердженим наказом Міністерства фінансів України від 24.12.2004 N 817.

У пункті 4.2.7 відображення операції з реалізації довгострокових біологічних активів не відповідає наказу Міністерства фінансів України від 05.03.2008 N 353.

Пункт 5.1.1 не відповідає положенням пункту 1.2 Методрекомендацій, оскільки книга складського обліку не є регістром бухгалтерського обліку. Також не відповідають пункту 1.2 Методрекомендацій пункти 5.3.4, 5.3.5, 5.3.6, 5.3.7, 5.3.8 і 5.5.2 в яких йдеться не про застосування регістрів журнально-ордерної форми обліку, а про опис і призначення рахунків бухгалтерського обліку. Крім того опис і призначення рахунків бухгалтерського обліку викладені в Інструкції, а згідно наказу Міністерства юстиції України від 12.04.2005 N 34/5 повтор тексту нормативного документу в іншому нормативному документі не допускається.

Пункт 5.1.2 в частині складання звіту по запасним частинам, ремонтним матеріалам та медикаментам тільки в грошовому вимірнику не відповідає загальним положенням Інструкції, які містять імперативну норму про забезпечення обліку матеріальних цінностей у кількісно-сумових вимірниках.