Порядок нарахування пені визначено статтею 129 Податкового кодексу України (далі - Кодекс) з урахуванням змін, внесених Законом України від 21 грудня 2016 року № 1797-VIII "Про внесення змін до Податкового кодексу України щодо покращення інвестиційного клімату в Україні".

Відповідно до підпункту 129.1.3 пункту 129.1 статті 129 Кодексу при нарахуванні суми податкового зобов'язання, визначеного платником податків, нарахування пені розпочинається після спливу 90 календарних днів, наступних за останнім днем граничного строку сплати податкового зобов’язання.

З урахуванням абзацу другого пункту 129.4 статті 129 Кодексу на суми грошового зобов’язання, визначеного підпунктом 129.1.3 пункту 129.1 цієї статті (включаючи суму штрафних санкцій за їх наявності та без урахування суми пені), пеня нараховується за кожний календарний день прострочення у його сплаті, включаючи день погашення, із розрахунку 100 відсотків річних облікової ставки Національного банку України, діючої на кожний такий день.

Пунктом 129.9 статті 129 Кодексу встановлено, у разі внесення змін до податкової звітності внаслідок самостійного виявлення платником податку помилок відповідно до статті 50 Кодексу пеня, передбачена статтею 129 Кодексу не нараховується, якщо зміни до податкової звітності внесені протягом 90 календарних днів, наступних за останнім днем граничного строку сплати грошового зобов’язання, визначеного Кодексом.

З урахуванням положень статті 129 Кодексу розрахунок пені на суми сплаченого з порушенням законодавчо встановленого терміну узгодженого грошового зобов’язання, визначеного платником податків у податковій звітності (звітних/нових звітних/уточнюючих податкових деклараціях/ розрахунках), здійснюється:

на суму погашеного грошового зобов’язання (його частини) (з урахуванням штрафних санкцій за їх наявності та без урахування пені);