Згідно з положеннями пп. 141.4.1 п. 141.4 ст. 141 ПКУ, будь-які доходи, отримані нерезидентом із джерелом їх походження з України, оподатковуються в порядку і за ставками, визначеними цією статтею.

Зокрема, абз. д) пп. 141.4.1 п. 141.4 ст. 141 ПКУ під доходами, отриманими нерезидентом із джерелом їх походження з України, розуміються доходи від продажу нерухомого майна, розташованого на території України, яке належить нерезиденту, у тому числі майна постійного представництва нерезидента.

Відповідно до пп. 141.4.2 п. 141.4 ст. 141 ПКУ резидент або постійне представництво нерезидента, що здійснюють на користь нерезидента або уповноваженої ним особи (крім постійного представництва нерезидента на території України) будь-яку виплату з доходу з джерелом його походження з України, отриманого таким нерезидентом від провадження господарської діяльності (у тому числі на рахунки нерезидента, що ведуться в національній валюті), утримують податок з таких доходів, зазначених у підпункті 141.4.1 цього пункту, за ставкою в розмірі 15 відсотків (крім доходів, зазначених у підпунктах 141.4.3 - 141.4.6 цього пункту) їх суми та за їх рахунок, який сплачується до бюджету під час такої виплати, якщо інше не передбачено положеннями міжнародних договорів України з країнами резиденції осіб, на користь яких здійснюються виплати, що набрали чинності.

Відповідно до п. 3.2 статті 3 ПКУ якщо міжнародним договором, згода на обов'язковість якого надана Верховною Радою України, встановлено інші правила, ніж ті, що передбачені цим Кодексом, застосовуються правила міжнародного договору.

Порядок застосування міжнародного договору України про уникнення подвійного оподаткування стосовно повного або часткового звільнення від оподаткування доходів нерезидентів із джерелом їх походження з України визначений статтею 103 Кодексу.

Рекомендації щодо застосування конвенцій про уникнення подвійного оподаткування викладені у листі Державної податкової служби від 27.12.2012 р. N 12744/0/71-12/12-1017 ( далі по тексту - Лист № 12744).

Відповідно до п.1 ст.6 Конвенції між Урядом України і Урядом Естонської Республіки про уникнення подвійного оподаткування та попередження податкових ухилень стосовно податків на доход і майно, ратифікованої Законом України від 13 вересня 1996 року N 368/96-ВР (надалі Конвенція) передбачено, що якщо доходи одержуються резидентом Договірної Держави від нерухомого майна (включаючи доход від сільськогосподарської або лісової експлуатації), яке міститься в другій Договірній Державі, можуть оподатковуватись у цій другій Державі.

Відповідно до рекомендацій, викладених у листі № 12744 по роз'ясненню загальних принципів застосування ст.6 Конвенцій про уникнення подвійного оподаткування, державі, в якій розташоване нерухоме майно надається першочергове право його оподаткування.

У пункті 1 цієї статті сформульовано основне правило про те, що доходи резидента Договірної Держави, отримані від нерухомого майна, яке розташоване в іншій Договірній Державі, можуть оподатковуватися в Договірній Державі, в якій розташоване це нерухоме майно. Тобто, пріоритетне та необмежене право оподаткування доходу від нерухомого майна має держава, в якій розташоване це майно.

Таким чином, у відповідності до п.п. 141.4.2 п.141.2 ст.141 цього пункту резидент або постійне представництво нерезидента, що здійснюють на користь нерезидента або уповноваженої ним особи виплату у вигляді доходу від продажу нерухомості, повинні утримати до бюджету податок за ставкою в розмірі 15 відсотків суми отриманого доходу за рахунок нерезидента Естонії, під час такої виплати.

В залежності від обраного варіанта на обліку в органах фіскальної служби як платник податків перебуватиме відповідно представництво іноземної компанії, постійне представництво нерезидента, управитель майна або юридична особа з іноземними інвестиціями. Процедури взяття на облік таких платників податків визначені Порядком обліку платників податків і зборів, затвердженим наказом Міністерства фінансів України від 09.12.2011 р. N 1588, зареєстрованим в Міністерстві юстиції України 29.12.2011 р. за N 1562/20300, із змінами (далі - Порядок обліку), відповідно до норм Податкового кодексу.

Податок на додану вартість нараховується та сплачується до бюджету платниками ПДВ, які включені до Реєстру таких платників у відповідності до вимог та порядку розділу V ПКУ та неплатниками ПДВ, у разі отримання послуг від нерезидентів, у тому числі їх постійними представництвами, не зареєстрованими платниками податку, якщо місце постачання таких послуг розташоване на митній території України.

Згідно з підпунктом 2 пункту 180.1 статті 180 розділу V ПКУ платником ПДВ є будь-яка особа, що зареєстрована або підлягає реєстрації як платник ПДВ. Відповідно до абзацу г) підпункту 14.1.139 пункту 14.1 статті 14 ПКУ, особою для цілей розділу V цього Кодексу є постійне представництво та, відповідно до підпункту 5 пункту 180.1 статті 180 ПКУ, особа - управитель майна, яка веде окремий податковий облік з податку на додану вартість щодо господарських операцій, пов'язаних з використанням майна, що отримане в управління за договорами управління майном.