Відповідно до статті 5 Закону України "Про митну справу в Україні" (Відомості Верховної Ради України, 1991 р., N 44, ст.575) та статті 11 Митного кодексу України (Відомості Верховної Ради України, 1992 р., N 16, ст.203) Верховна Рада України

Затвердити описи, кольорові та схематичні зображення прапора та розпізнавального знака митних органів України (додаються).

Прапором митних органів України є прямокутне полотнище темно-синього кольору, у верхньому куті якого розміщено Державний Прапор України, що займає четверту частину полотнища. У центрі вільної половини полотнища, на відстані 3/10 його ширини від верхнього краю прапора, зображено кадуцей жовтого кольору, висота якого дорівнює 2/5 ширини полотнища.

Зображення кадуцея будується відповідно до схеми, яка є складовою частиною цього опису. Співвідношення ширини прапора до його довжини - 2:3. Зворотний бік прапора є дзеркальним відображенням лицьового боку.