Основні правила використання платниками податку спеціального режиму оподаткування діяльності у сфері сільського та лісового господарства, а також рибальства регламентуються статтею 209 Кодексу.

Законом № 909 внесено зміни до Кодексу, зокрема до пункту 209.2 статті 209 Кодексу, відповідно до якого у 2016 році в межах спеціального режиму оподаткування запроваджена часткова сплата сум ПДВ до бюджету та на спеціальні рахунки. Розмір суми ПДВ, що підлягає сплаті до бюджету та перерахуванню на спеціальні рахунки, залежить від виду сільськогосподарської продукції, що реалізується (зернові та технічні культури; продукція тваринництва; інші сільськогосподарські товари/послуги, крім зернових і технічних культур та продукції тваринництва відповідно до п.209.19 ст. 209 Кодексу).

Згідно пункту 23 Порядку електронного адміністрування ПДВ затвердженого постановою Кабінету Міністрів України від 16 жовтня 2014 року № 569 "Деякі питання електронного адміністрування податку на додану вартість" (далі – Порядок № 569) із змінами внесеними постановою Кабінету міністрів України від 30 грудня 2015 року № 1177 "Про внесення змін до Порядку електронного адміністрування ПДВ" суб’єкти спеціального режиму оподаткування та платники – сільськогосподарські підприємства, які відповідають вимогам пункту 209.18 статті 209 Кодексу, ведуть окремий податковий облік операцій:

- із зерновими та технічними культурами (ведуть тільки суб’єкти спеціального режиму оподаткування);

- з продукцією тваринництва;

- з іншими сільськогосподарськими товарами/послугами.

Отже, з метою визначення сум ПДВ, що підлягають сплаті до державного бюджету та перерахуванню на спеціальні/поточні рахунки платників, суб’єкти спеціального режиму оподаткування та платники - сільськогосподарські підприємства, які відповідають вимогам пункту 209.18 статті 209 Кодексу, суми податкових зобов’язань та податкового кредиту звітного (податкового) періоду визначають за кожним видом операцій самостійно.

Відповідно до пп. "а" пп.209.15.1 п.209.15 ст. 209 Кодексу виробничими факторами, за рахунок яких сформовано податковий кредит є товари/послуги, які придбаваються сільськогосподарським підприємством для їх використання у виробництві сільськогосподарської продукції, а також основні фонди, які придбаваються (споруджуються) з метою їх використання у виробництві сільськогосподарської продукції.

У разі якщо товари/послуги, основні фонди, виготовлені та/або придбані, використовуються сільськогосподарським підприємством частково для виробництва сільськогосподарських товарів/послуг, у тому числі зернових і технічних культур, та/або продукції тваринництва, а частково для інших товарів/послуг, сума сплаченого (нарахованого) податкового кредиту розподіляється виходячи з питомої ваги вартості таких сільськогосподарських товарів/послуг у загальній вартості всіх товарів/послуг, поставлених за 12 попередніх послідовних звітних (податкових) періодів.

У разі, якщо товари/послуги, основні фонди, виготовлені та/або придбані, використовуються сільськогосподарським підприємством частково для виробництва зернових культур і технічних культур та/або частково для виробництва продукції тваринництва, та/або частково для інших сільськогосподарських товарів/послуг, сума сплаченого (нарахованого) податкового кредиту розподіляється виходячи з питомої ваги вартості таких зернових і технічних культур, продукції тваринництва та інших сільськогосподарських товарів/послуг у загальній вартості усіх сільськогосподарських товарів/послуг, поставлених за 12 попередніх послідовних звітних (податкових) періодів.

Таким чином, якщо суб’єктами спеціального режиму оподаткування та платниками - сільськогосподарськими підприємствами, які відповідають вимогам пункту 209.18 статті 209 Кодексу, у 2016 році придбано/виготовлено товари/послуги, основні фонди для їх часткового використання:

- у виробництві сільськогосподарських товарів/послуг, у тому числі зернових і технічних культур, та/або продукції тваринництва, а частково для інших товарів/послуг, такі платники податку повинні здійснити розрахунок питомої ваги вартості таких сільськогосподарських товарів/послуг у загальній вартості всіх товарів/послуг, поставлених за 12 попередніх послідовних звітних (податкових) періодів;

- у виробництві зернових і технічних культур, та/або частково для виробництва продукції тваринництва, та/або частково для інших сільськогосподарських товарів/послуг, такі платники податку повинні здійснити розрахунок питомої ваги вартості таких зернових і технічних культур, продукції тваринництва та інших сільськогосподарських товарів/послуг у загальній вартості усіх сільськогосподарських товарів/послуг, поставлених за 12 попередніх послідовних звітних (податкових) періодів (наприклад, при придбанні таких товарів/послуг у березні 2016 року платнику необхідно здійснити такий розрахунок питомої ваги за звітні періоди березень 2015 року – лютий 2016 року).