Основні проблеми, які виникають при закритті вугільних підприємств Донецького та Львівсько-волинського вугільних басейнів, це: ускладнення ситуації з гідрологічного захисту суміжних діючих шахт, підтоплення прилеглих територій, проникнення на земну поверхню та накопичення в об'єктах, розташованих в зоні впливу гірничих робіт, газу-метану.

Внаслідок несвоєчасного виконання робіт з організованого перепуску води, повільних темпів будівництва (реконструкції) водовідливів, збільшуються терміни ліквідації шахт, в результаті чого роками ведеться відкачка води.

Така ситуація склалася майже по всіх вугледобувних регіонах.

Так, завершення робіт з будівництва і здача в експлуатацію водовідливних комплексів на шахтах "Курахівська", ім. Поченкова, ім. Калініна дозволило б приступити до повної фізичної ліквідації шахт "Гірник", "Червоногвардійська", "Кіндратівка", на утримання яких використовуються значні бюджетні кошти.

Не прийняті остаточні проектні рішення по ліквідації шахти "Кіровська" (N 17-17-біс) в частині забезпечення гідротехнічної безпеки шахти ім. О.О. Скочинського та організованого перепуску води.

Не вирішено питання щодо недопущення підтоплення гірничих виробок ш. "Міуська" N 27.

Не виконані проектні рішення по ліквідації ш. "Донецька" (колишня ДХК "Жовтеньвугілля") в частині проведення збійки для організованого перепуску води в гірничі виробки ш. "Комсомолець Донбасу", ведеться затоплення шахти при наявності ненормативного міжшахтного бар'єрного цілика з ш. "Єнакіївська" ДП "Орджонікідзевугілля" і ш. "Комсомолець Донбасу".

Не виконуються програми гідрозахисту прилеглих територій.

На ліквідованій шахті "Центральна - Ірміно" після затоплення підземних гірничих виробок відбувається самовилив шахтних вод на поверхню в обсязі 44 м.куб/год. в заплаву ріки Лугань і підтоплення прилягаючих територій площею 62 га.

Також не проводяться роботи з будівництва дренажних систем на ліквідованих шахтах ім. Ілліча (підтоплення в заплаві ріки Камишеваха площею 50 га), "Брянківська" (підтоплення в заплаві ріки Лозова 116 га), "Максимівська", "Анненська", "Замківська" (підтоплень територій ще немає).

Аналогічна ситуація в місті Брянка. При зупинці робіт ТОВ "Карат" і виходу з ладу водовідливу шахти, водоспускні свердловини не забезпечать перелив води з шахти "Червонополіївська" на шахту N 49 і вона самовиливом вийде на поверхню, що призведе до затоплення густонаселених районів міста.

Не приділяється належної уваги питанням проникнення газу з ліквідованих шахт на поверхню. На цей час ця проблема постала в містах Макіївка (шахта ім. Орджонікідзе) та Горлівка (шахта "Кочегарка"). Проектами ліквідації шахт передбачається прогноз зон, небезпечних по проникненню та накопиченню метану і відповідні заходи по недопущенню негативних наслідків цих явищ, проте, відповідні дії з боку відповідальних організацій приймаються тільки після зафіксованих нещасних випадків (спалах газу-метану 29 січня 2003 р. в підвалі будинку N 78 по вул. Геологічній в м. Макіївка).

Повільно вирішується питання щодо проведення науково-дослідницьких робіт з вивчення наслідків реалізації проекту "Кліваж" (ш. "Юний Комунар") та прискоренню прийняття остаточних висновків в частині можливості затоплення шахти, або необхідності виконання заходів по довготерміновій експлуатації водовідливного господарства шахти.

Не виконуються проекти ліквідації Нововолинської групи шахт в частині створення єдиної режимної мережі для проведення спостережень за відновленням гідрогеологічного середовища.

Міністерство палива та енергетики недостатньо приділяє увагу вирішенню проблем з подолання негативних наслідків закриття вугледобувних підприємств. До цього часу не розроблено програму реструктуризації вугільних підприємств по регіонах, як то передбачено постановою Кабінету Міністрів України від 12.01.99 р. N 31 "Про заходи щодо розв'язання еколого-гідрогеологічних проблем, які виникають унаслідок закриття гірничодобувних підприємств, шахт і розрізів". При прийнятті рішень не враховується черговість ліквідації шахт, які мають збійки між собою, що призводить до прийняття невиправданих проектних рішень по забезпеченню гідротехнічної безпеки сусідніх діючих шахт і, відповідно, до невиправданих витрат бюджетних коштів.