Указом Президента України від 13.03.99 р. N 250 "Про зміни в системі центральних органів виконавчої влади України" було постановлено утворити Державний комітет України з питань науки та інтелектуальної власності (далі - Держкомнауки) на базі Міністерства України у справах науки і технологій, Державного патентного відомства України та Державного агентства України з авторських і суміжних прав, що ліквідувались. Указом Президента України від 13.08.99 р. N 987 було затверджено Положення про Державний комітет України з питань науки та інтелектуальної власності.

Протягом 1999 року Держкомнауки не зміг організаційно забезпечити функціонування державної системи охорони інтелектуальної власності. Зокрема ним так і не було створено організаційної структури, здатної належним чином виконувати всі функції діючого патентного відомства.

Президент України 15 грудня 1999 року підписав Указ N 1573 "Про зміни у структурі центральних органів виконавчої влади", де пунктом 4 Указ Президента України від 13.03.99 р. N 250 визнано таким, що втратив чинність.

Згідно з четвертим абзацом пункту 1(а) цього Указу постановлено утворити Міністерство освіти і науки України - на базі Міністерства освіти України та Державного комітету України з питань науки та інтелектуальної власності, що ліквідуються. Надалі Указами Президента України від 9 лютого 2000 року NN 190, 191, 192, 193, 194, 195 керівництво Держкомнауки звільнене у зв'язку з ліквідацією цього органу.