16.05.2003 р. під час робочої наради з підготовки проекту постанови Кабінету Міністрів України "Про акваторії морських портів" було виявлено ряд недоліків у підготовці проекту цього документа. Протокольним дорученням, затвердженим Державним секретарем, керівникам державних департаментів транспорту, об'єднань та департаментів центрального апарату Міністерства було надано ряд доручень. Так, рішеннями вищезгаданої наради передбачено виконати:

- пунктом 4 державним департаментам авіаційного та автомобільного транспорту, ДО "Укрморпорт" і Департаменту розвитку та координації транспортних систем доручено розробити та погодити проект Положення про організацію проведення проектних та пошукових робіт по об'єктах транспортної інфраструктури усіх підгалузей транспорту, що виконуються державними інститутами, підвідомчими Мінтрансу;

- пунктом 5 Департаменту розвитку та координації транспортних систем доручено підготувати та подати на затвердження наказ стосовно тимчасової заборони укладення нових договорів на проектні та вишукувальні роботи по об'єктах інфраструктури транспорту до введення у дію Положення щодо організації проведення проектних, вишукувальних робіт та узгодження з Мінтрансом договорів на вказані роботи;

- пунктом 8 Державному департаменту морського і річкового транспорту (відповідальний Касапчук В.А.) доручено прискорити узгодження з причетними міністерствами та відомствами проекту постанови Кабінету Міністрів України щодо запровадження єдиної ставки корабельного збору у морських портах.