Відповідно до Примірної структури регіональної митниці, митниці та вимог до штатної структури регіональної митниці, митниці затвердженої наказом Держмитслужби від 05.12.11 N 1025, у примірній структурі регіональній митниці, митниці не передбачено підрозділи митної варти.

Виконання завдань зазначеного підрозділу буде покладено на Служби боротьби з контрабандою та порушеннями митних правил.

Департаментом боротьби з контрабандою, аналізу ризиків та протидії корупції на даний час розроблюється Примірна структура та Примірне положення про Службу боротьби з контрабандою та порушеннями митних правил регіональної митниці, митниці, якими буде передбачено утворення відповідного підрозділу для виконання завдань, покладених на підрозділи митної варти.