За результатами аналізу митного оформлення товарів та вивчення актів комплексних й тематичних перевірок митниць виявлено ряд недоліків при адмініструванні митних платежів:

- не дотримання вимог Порядку прийняття рішення про здійснення митного оформлення товарів і транспортних засобів поза місцем розташування митного органу або поза робочим часом, установленим для митного органу, а також нарахування й унесення плати за таке митне оформлення, затвердженого наказом Держмитслужби від 04.12.2003 N 833, в частині відсутності підпису декларанта при заповненні графи 47 ВМД у випадку нарахування плати за митне оформлення товарів і транспортних засобів поза місцем розташування митних органів або поза робочим часом, установленим для митних органів;

- відсутність службових розслідувань щодо перевірки дій посадових осіб митних органів, якими було здійснено митне оформлення товарів, яке призвело до заниження податкових зобов'язань за митними платежами, на предмет вчинення ними вичерпних заходів з метою забезпечення належного рівня митного контролю (лист Держмитслужби від 27.04.2006 N 11/4-15/4661-ЕП);

- порушення обліку векселів, що надаються у сплату ввізного мита при ввезенні на митну територію України іноземних інвестицій (недотримання 30-денного терміну погашення векселів та ведення журналу їх обліку, відсутність платіжного доручення щодо сплати мита, зміст відмітки податкового органу не відповідає вимогам законодавства тощо);