Неякісні перевірки та невиконання спеціалістами ДПІ вимог нормативних актів щодо оформлення матеріалів перевірок, неврахування при застосуванні штрафних (фінансових) санкцій податкових роз'яснень ДПАУ, помилкове застосування норм чинного податкового законодавства призводять до збільшення кількості обгрунтованих скарг платників податків, значних витрат робочого часу для розгляду скарг та здійснення додаткових перевірок.

Наприклад, несвоєчасне застосування до ДП штрафних санкцій за порушення строків сплати узгоджених податкових зобов'язань з ПДВ (Санкції застосовано у листопаді 2003 року за несвоєчасну сплату узгоджених сум податкових зобов'язань з ПДВ у 2001 і 2002 роках), допущені порушення при написанні актів перевірки, неправильне зазначення в податкових повідомленнях-рішеннях адреси підприємства (замість провулку Корабелів вказана вулиця Корабелів) стали причиною оскарження податкових повідомлень-рішень ДПІ у м. Миколаєві до облДПА і ДПАУ (подано 26 скарг). Наказом ДПІ у м. Миколаєві від 26.12.2003 р. N 215 оголошено догани начальнику відділу оподаткування юридичних осіб виробничої сфери за несвоєчасне застосування штрафних санкцій до ДП, держподатінспектору відділу дослідчих перевірок МГВПМ ДПІ у м. Миколаєві та держподатінспектору відділу оподаткування юридичних осіб виробничої сфери ДПІ у м. Миколаєві за складання актів перевірки на бланках без номерів та за неправильне зазначення в повідомленні-рішенні юридичної адреси, яка є в статутних документах підприємства, та начальнику відділу супроводження обліку платників та ведення інтегрованого банку даних за несвоєчасне внесення змін у базу даних ДПІ у м. Миколаєві "Розшук" юридичної адреси ДП.

З причин несвоєчасного застосування штрафних санкцій оскаржено до ДПАУ ЗАТ 84 податкових повідомлень-рішень Корюківської МДПІ Чернігівської області (видані на підставі актів перевірок від 19.09.2003 р.) про застосування штрафних санкцій за несвоєчасну сплату у 2001 і 2002 роках узгоджених сум податкових зобов'язань з ПДВ, комунального податку, земельного податку, збору за забруднення навколишнього природного середовища, збору за геологорозвідувальні роботи, плати за спеціальне використання водних ресурсів та готельного збору.

Під час розгляду скарг ДП, поданих до Броварської ОДПІ Київської області, на податкові повідомлення-рішення від 27.10.2003 р., якими визначено сплатити підприємству податкові зобов'язання з податку на прибуток у сумі 975550 грн., з ПДВ у сумі 208996 грн. та штраф за порушення податкового законодавства у сумі 2040 грн. відповідно, ОДПІ не враховано вимоги листа ДПАУ від 27.10.2003 р. N 16767/7/25-0017 щодо розгляду скарг (заяв) платників податків на рішення органів державної податкової служби за наявності порушених кримінальних справ. Замість прийняття і надіслання рішення, прийнятого за розглядом скарг, заявнику, Броварською ОДПІ надіслано лист від 24.11.2003 р. N 1910/10/26-10 (відправлено поштою 25 листопада 2003 року з поштовим повідомленням N 4318 про вручення поштового відправлення на 21 день від дня отримання скарг на податкові повідомлення-рішення), в якому повідомлено ДП, що органи ДПС не мають права на розгляд скарг при порушенні кримінальної справи (06.11.2003 р. по факту ухилення від сплати податків службовими особами ДП порушено кримінальну справу за N 30-9782ПМ). Внаслідок чого, відповідно до абзацу третього пп. 5.2.2 ст. 5 Закону України "Про порядок погашення зобов'язань платників податків перед бюджетами та державними цільовими фондами" і п. 11 Положення про порядок подання та розгляду скарг платників податків органами державної податкової служби (затверджено наказом ДПАУ від 02.03.2001 р. N 82 і зареєстровано в Мін'юсті України 15.03.2001 р. N 238/5429), первинні скарги на зазначені податкові повідомлення-рішення Броварської ОДПІ підлягають задоволенню на користь ДП.

При донарахуванні перевірками сум податків та прийнятті рішень про застосування штрафних (фінансових) санкцій окремі ДПІ в порушення вимог Цивільного кодексу України і п. 11 ст. 10 Закону України "Про державну податкову службу в Україні", замість подання до судів і господарських судів позовів про визнання угод недійсними, самостійно не враховували витрат, здійснених за угодами між суб'єктами підприємницької діяльності. Зокрема, ДПІ у Печерському районі м. Києва за матеріалами перевірки ТОВ (акт перевірки від 30.07.2003 р.), замість подання позову до суду про визнання угод недійсними, зробила висновок про порушення ТОВ пп. 7.4.1 ст. 7 Закону України "Про податок на додану вартість" в частині включення до податкового кредиту суми ПДВ без фактичного придбання товарів, оскільки продавець товарів (ТОВ "Вертекс") не подає звітність до ДПІ та за поясненням співзасйовника він ніяких фінансових документів не підписував. І лише 21.10.2003 р. ДПІ подала позовну заяву до Подільського районного суду м. Києва про визнання недійсними установчих документів, свідоцтва про держреєстрацію, свідоцтва про реєстрацію платника ПДВ ТОВ "Вертекс". Однак на час розгляду ДПАУ повторної скарги ТОВ була відсутня інформація про стан розгляду зазначеної позовної заяви в суді.