Підпорядковані Міністерству науки України госпрозрахункові організації не відносяться до неприбуткових установ і організацій, і тому не підпадають під дію пункту 7.11 Закону України від 22.05.98 р. N 283/97-ВР "Про внесення змін до Закону України "Про оподаткування прибутку підприємств" (із змінами і доповненнями), в зв'язку з чим оподаткування податком на прибуток проводиться на загальних підставах.

Відповідно до статті 2 Закону України від 20 червня 1997 року N 386/97-ВР "Про формування Фонду для здійснення заходів щодо ліквідації наслідків Чорнобильської катастрофи та соціального захисту населення" платниками збору до Фонду є: суб'єкти підприємницької діяльності незалежно від форм власності, громадські та інші установи і організації (крім бюджетних установ і організацій), які здійснюють діяльність, спрямовану на отримання прибутку, та здійснюють оплату праці.

Так як організації, які підпорядковані Міністерству України у справах науки і технологій, не відносяться до бюджетних установ і організацій, то відрахування до Чорнобильського фонду проводиться відповідно до норм вищевказаного Закону України.

Роботи, що фінансуються за рахунок коштів Державного бюджету, звільнені від сплати відрахувань на утримання шляхів та інноваційного фонду.

У випадку залучення сторонніх організацій для виконання окремих розділів госпрозрахункових робіт при нарахуванні відрахувань на утримання шляхів та до інноваційного фонду, з метою уникнення подвійного оподаткування, враховується обсяг реалізації, виконаної власними силами.

На науково-дослідні організації можливе розповсюдження п.7.10 статті 7 Закону України "Про оподаткування прибутку підприємств" при умові, що такий контракт не планується завершити раніше ніж через 9 місяців з моменту здійснення перших витрат або отримання авансу.