У випадку реорганізації підприємства при передачі матеріальних цінностей необхідно керуватися такими положеннями.

Реорганізація юридичної особи (злиття, приєднання, поділ, перетворення) регулюється Цивільним та Господарським кодексом України. Загальний порядок ліквідації суб'єкта господарювання встановлений статтею 60 Господарського кодексу України.

Відповідно до пункту 2 статті 60 Господарського кодексу України орган, який прийняв рішення про ліквідацію суб'єкта господарювання, встановлює порядок проведення ліквідації. Тобто наказом Державної митної служби України повинно бути визначено правонаступництво кожної новоствореної в результаті реорганізації юридичної особи щодо майна, прав та обов'язків суб'єкта, що реорганізується.

Уповноваженим органом встановлюється порядок і строки проведення ліквідації підприємства та створюється ліквідаційна комісія для приймання-передачі майна та складання передаточного балансу.

Тобто, при зміні підпорядкованості складається ліквідаційний баланс і передаються всі майнові права і обов'язки колишнього підприємства. При проведенні змін в структурі відбувається не тільки переміщення цінностей, а й зміна в фінансово-економічній структурі, яка повинна знайти своє місце в кожній установі відповідно до здійснених операцій.

Пунктом 2 статті 51 Бюджетного кодексу України визначено, що кошторис визначає обсяг і спрямування коштів для виконання бюджетною установою своїх функцій та досягнення цілей встановлених на бюджетний період.